如果你的引物设计在了跨两个外显子的区域，则只能扩增cDNA而不扩增基因组引物不跨外显子设计也可以，但是必须保证你用的逆转录试剂盒里面的gDNA Wiper 可以完全去除你的基因组，你实验的时候可以做一个NRT的对照看一下有。

GATCC是BglII限制性内切酶的酶切位点，有可能输入错误，正确应该是GATCT， TTTTTGGAAA是设计加上的特异性碱基，一般shRNA设计有固定的碱基，比如后面三个A，参考设计吧。

应该不是输入错误GATCC是故意设计的，这样正确连接上shRNA的质粒就不会被BalII切断，可以以此来验证shRNA有没有被连接上自连的质粒会被BglII切断成linear的通过跑胶就能看出区别。

siRNA和shRNA的设计有何区别 siRNA是小干扰rnashRNA是小发卡rna，一段rna单链，形成茎环结构部分双链的小rna siRNA可以是天然产生也可以是人工导入的，shRNA一般都是指人工的 shRNA多是用dna载体构建，在宿主内自行转录成。

miRNA是低等和高等生物都存在的 作用在靶基因的mRNA 3’UTR区域 通过降解或者抑制翻译来抑制靶基因表达 一条miRNA可以有多个靶基因 siRNA主要存在于低等生物 可以作用在靶基因的mRNA任何地方 通过降解来抑制表达 一般一条siRNA。